ストーリーの順番

1.

【記録の塔:冒険の記録】
①「プロローグ」〜「永遠なる黄金の街の神」（クランチー大陸ワールド探検EP.1〜16）
②クッキーオデッセイ第Ⅰ章〜第ⅲ章（SPエピソード)
③「ベールに包まれし白銀の王国」〜「希望のうえに咲き誇る自由」（ビーストイースト大陸ワールド探検EP.1〜12）
【記録の塔:特別な記録】
④「闇を完成させる者」
【記録の塔:ストーリー】
⑤「到来した千年の刻」
【記録の塔:冒険の記録】
⑥「光と闇の境界で」（ビーストイースト大陸ワールド探検EP.13～）

以上がメインストーリーの大筋です。

2.

>>1
以上がメインストーリーの流れです。
③の前に「カオスの塔」、⑤の前に【特別な記録】「暗黒魔女クッキーのクッキー研究所」→「天地を切り裂く雷」→「闇を貫く風」と【ストーリー】「世界の光を目指して」（↑のクッキー研究所より時系列少し前)・「煌々たる浄化の炎」を読んでおくと暗黒魔女の計画や悪事とそれを止めるため動くレジェンダリークッキーの流れが見えてきます。
⑥の前にSPエピソードの「目覚めし赤い竜の伝説」を読むと何故ドラゴンが共闘しているのかが分かります。
他のサイドストーリーは個人的意見ですがメイン読んでからでもいいし、いつでも問題ないと思います。本筋に関わるやつと、今後関わりそうなやつと、ほぼ関係ないやつがあります。

3.

>>2
本当にありがとうございます！時々知らない話が出てきて覚えてないだけなのかわからなくなってました。本当に助かりました！